Lembaga Penjaminan Mutu STAI Ki Ageng Pekalongan merupakan unsur pelaksana akademik yang melaksanakan sebagian Tugas Pokok dan fungsi perguruan tinggi dengan memelihara jaminan mutu melalui proses penetapan dan pemenuhan standar mutu pengelolaan secara konsisten dan berkelanjutan, sehingga konsumen, produsen, dan pihak lain yang berkepentingan (stakeholders) memperoleh kepuasan.