Lembaga Penjaminan Mutu Pendidikan STAIKAP Pekalongan didirikan pada tahun 2011 sebagai wujud komitmen STAIKAP Pekalongan dalam menjamin kualitas penyelenggaraan pendidikan di perguruan tinggi ini. Keberadaan lembaga ini merupakan respon terhadap kebutuhan akan peningkatan mutu pendidikan yang terus berkembang seiring dengan tuntutan masyarakat dan persaingan global.

Pada awal pembentukannya, Lembaga Penjaminan Mutu Pendidikan STAIKAP Pekalongan fokus pada pengembangan sistem penjaminan mutu internal yang komprehensif. Berbagai langkah strategis dilakukan, mulai dari penyusunan dokumen mutu, pengembangan instrumen evaluasi, penguatan kapasitas sumber daya manusia, serta penerapan audit internal secara berkala. Seiring berjalannya waktu, peran dan fungsi Lembaga Penjaminan Mutu Pendidikan STAIKAP Pekalongan semakin berkembang. Tidak hanya bertanggung jawab dalam menjaga mutu internal, lembaga ini juga aktif melakukan kerjasama dengan berbagai pemangku kepentingan, baik di tingkat lokal, regional, maupun nasional.

Berbagai program dan inisiatif inovatif telah diluncurkan oleh Lembaga Penjaminan Mutu Pendidikan STAIKAP Pekalongan, di antaranya pengembangan kurikulum berbasis kompetensi, penguatan kapasitas dosen melalui pelatihan dan sertifikasi, serta pengembangan sistem informasi terintegrasi untuk mendukung proses penjaminan mutu. Pada tahun 2019, Lembaga Penjaminan Mutu Pendidikan STAIKAP Pekalongan berhasil menaikan perolehan nilai akreditasi prodi yaitu Prodi MPI menjadi  B dari Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN-PT), sebuah prestasi yang membuktikan komitmen dan upaya keras lembaga ini dalam mewujudkan pendidikan berkualitas.

Dengan semangat inovasi dan perbaikan berkelanjutan, Lembaga Penjaminan Mutu Pendidikan STAIKAP Pekalongan terus berkomitmen untuk menjadi pusat keunggulan dalam pengembangan sistem penjaminan mutu pendidikan berbasis nilai-nilai Islam, serta mempersiapkan generasi Muslim yang unggul, berakhlak mulia, dan berkontribusi positif bagi kemajuan bangsa.